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浙江大學全球油菜基因資源數字化利用交互式網站上線

時間:2020-09-30

近日,浙江大學作物所發布了全球油菜基因資源數字化利用數據庫與交互式網站BnaSNPDB,該網站的源代碼、利用說明以及簡明語音教程的鏈接等詳盡信息于2020930日在線發表于計算與結構生物領域具有較高影響力的Computation and Structural Biotechnology Journal 雜志(論文鏈接:https://doi.org/10.1016/j.csbj.2020.09.031)。 作物所2017級博士研究生嚴濤是該論文的第一作者,蔣立希教授為該文通訊作者。

對主要作物的種質資源做基因組序列進行鑒定是作物育種領域一項重要的基本建設。早在三年之前,浙江大學作物所即著手開展世界油菜種質資源基因組測序與重要功能鑒定工作,并在美國NCSI上載了6T的原始序列數據。有效利用這些數據,很大程度上依賴編程技術與用戶端的命令行環境,這對于大多數作物育種工作者來說,是一項具有難度且耗時、耗力的工作。浙大作物所發布的BnaSNPDB網站,是一個用戶界面友好的交互式網站,它保存了一千份以上油菜種質材料基因組數據,提供了連鎖不平衡分析、基因聚類進化樹分析、基因分型、以及GWAS分析等多種分析模塊,用于檢索、分析和可視化全球1007份油菜種質資源的單核苷酸多態性。該交互式網站的優勢是兼容性、擴展性強,且容易移植到不同的操作系統上。該數據庫網站對于加速油菜功能基因組學研究和分子育種具有重要意義。

目前數據庫在浙江大學(http://rapeed.zju.edu.cn3838/bnasnpdb),以及阿里云(http://121.41.229.1263838/bnasnpdb)上運行,數據集和代碼發布在https://github.com/YTLogos/BnaSNPDB

(作物所供稿)